«معمای دریاچه» داستانی درباره­‌ی دختر دوازده‌ساله است که باید از دریاچه‌ی مِی‌پِل دور بماند. چرا که، برادر دوقلویش، آموس، چند ماه پیش آنجا غرق شد. اما آب زلال و شفاف دریاچه که در رگ‌های او جریان دارد، و دفترچه‌ یادداشتی که پر شده است از مدارک آموس درباره‌ی وجود موجودی مرموز و جادویی که در اعماق دریاچه زندگی می‌کند، انگار او را به سمت دریاچه می‌کشند. بنابراین علی‌رغم نگرانی‌ها و ترس والدینش، تابستان آن سال، اَدی بالاخره در نقش دانشمند جوان از طرف مدرسه به پایگاهی تحقیقاتی در نزدیکی دریاچه می‌رود تا با نظارت بزرگ‌ترها، درمورد میزان آلودگی آب تحقیق کند. با این حال، اَدی نمی‌تواند جلوی رازهای دریاچه مقاومت کند. از پسر یکی از محققین دریاچه، به نام تای، کمک می‌گیرد تا با هم روی مدارک آموس درباره‌ی موجود داخل دریاچه تحقیق کنند. همین‌طور که مدارک جدیدی را جمع‌آوری می‌کنند، می‌فهمند دریاچه واقعاً مشکل دارد و منبع آلودگی آن‌ ممکن است در نزدیکی خانه‌ی آن‌ها باشد. اَدی در دوراهی باور به علمی که همیشه عاشقش بوده و جادویی که او را به برادرش نزدیک‌تر می‌کند، گیر کرده است و انتخابش در نهایت همه چیز را تغییر خواهد داد.