دکتر محمدعلی خنجی تحصیلات ابتدایی را در دبستان اتحادیه ملی ایرانیان بحرین - که پدرش محمدامین خنجی از مؤسسین آن بود- گذراند و در سال ۱۳۱۸ به همراه خانواده به تهران مهاجرت کرد. در سال ۱۳۲۶ از دانشکده حقوق دانشگاه تهران موفق به اخذ درجه لیسانس در رشته حقوق قضایی گردید؛ سپس جهت ادامه تحصیل به فرانسه عزیمت کرد و از دانشگاه پاریس موفق به اخذ درجه دکترای اقتصاد شد. وی در سال ۱۳۲۸ به ایران بازگشت و به عنوان وکیل دادگستری به فعالیت مشغول شد.

ایشان در کنار تسلط در تحلیل مسایل اقتصادی و اجتماعی به پژوهش و تحقیقات علمی در حیطه جامعه‌شناسی، تاریخ، اقتصاد، زبان‌شناسی، مردم شناسی و سایر شاخه‌های علوم انسانی پرداخت. وی بر زبان و ادبیات پارسی و فرانسوی احاطه داشت و در ضمن با زبانهای انگلیسی، عربی، آلمانی، روسی، ایتالیایی و چک آشنا بود.