کتاب «100 اثر موزه‌ای ایران» دربردارنده سه بخش است که بخش نخست «ایران باستان، روایت‌گران سرسخت» نام دارد که شامل آثار پیش از تاریخ، آثار تمدن عیلام، آثار دوره هخامنشی، آثار دوره اشکانی، آثار دوره ساسانی است. «سده‌های میانه، شاهکارهای دوبعدی» نام بخش دیگر است که آثار سده‌های نخستین اسلام، آثار دوره‌های سلجوقی، ایلخانی و تیموری، آثار دوره صفوی و آثار دوره‌های افشار و زند است. بخش سوم با عنوان دوره معاصر، جلوه‌های مدرن است که  به آثار دوره قاجار، آثار دوره پهلوی و آثار دهه‌های اخیر می‌‌پردازد. پایان بخش کتاب به منابع عکس و عکاسان، نمایه اشخاص، نمایه شهرها، کشورها و اماکن و منابع است.