کسروی در زمینه‌های مختلفی فعالیت می‌کرد و تألیفات او جنبه‌ی مذهبی، انتقادی، اجتماعی، تاریخی و ادبی... داشت، اما مهم‌ترین آثار او در زمینه‌ی تاریخ است که در این خصوص امام خمینی می‌فرمایند:
«کسروی یک آدمی بود، تاریخ نویس، اطلاعات تاریخی‌اش هم خوب بود. قلمش هم خوب بود. اما غرور پیدا کرد...»
ایشان در خصوص جریان کتابسوزی کسروی می‌فرمایند:
«یک‌دفعه آدم می‌بیند که کسروی آمد و کتابسوزی..! مفاتیح‌الجنان هم جزو کتاب‌هایی بود که سوزاند، کتاب‌های عرفان را هم سوزاند. البته کسروی نویسندۀ زبردستی بود، ولی این آخری دیوانه شده بود... ایشان نمی‌دانست کتاب مفاتیح‌الجنان چی تویش است!»
از مهم‌ترین کتاب‌های او در زمینه‌ی تاریخ، «تاریخ مشروطه ایران» و «تاریخ هیجده ساله آذربایجان» می‌باشد که تدوین کتاب «تاریخ هیجده ساله آذربایجان» مربوط به سال‌های 1313-1320 خورشیدی و «تاریخ مشروطه ایران» 1319-1323 می‌باشد. کسروی نام جلد اول این کتاب را «تاریخ هیجده ساله آذربایجان» گذاشت و پس از چاپ و نشر آن، جلد دوم را به نام «تاریخ مشروطۀ ایران» انتشار داد.
این اثر گران‌قدر و مستند که دارای ارزش تحقیقی فراوان است، سهم قهرمانان این جنبش را که از میان توده‌ی مردم برخاسته بودند، معین می‌کند و نماهایی از جنبش مشروطه را که با وجود اهمیت اساسی در سایه مانده بود، آشکار می‌سازد. قضاوت‌های تاریخی نویسنده منصفانه دقیق و مستند است. باید انصاف داد که این دو کتاب در رابطه با تاریخ مشروطه، از مهم‌ترین منابع در زمینۀ تاریخ است.