داستان کتاب باغ مخفی زندگی دختری انگلیسی را روایت می‌کند که از هند به وطن خود بازگشته و بسیار تحت تاثیر فوت پدر و مادرش به دلیل بیماری وبا قرار دارد. با این وجود او خاطرات خوشی از پدر و مادرش ندارد. آن‌ها خودخواه، بی‌توجه به دخترشان و همچنین خوش‌گذران بوده‌اند. دخترک پیش عمویش که تا به حال او را ملاقات هم نکرده فرستاده می‌شود. عموی دخترک در خانه‌ای بزرگ و بی‌روح زندگی می‌کند و به محض ورودش به خانه، دخترک به شدت بدخلق و بداخلاق می‌شود. اما کم‌کم زمانیکه از سرگذشت واقعی عمویش که مردی سخت‌گیر و مقرراتی است آگاه می‌شود، رفتارش را تغییر می‌دهد.