«مری لناکس» کوچک، بداخلاق و پرخاشگرست؛ و وقتی در هند پدر و مادرش را از دست می‌دهد به انگستان برگردانده می‌شود تا با عموی خود در باغی بزرگ و ساکت و قدیمی زندگی کند. مری در طول روز کاری برای انجام‌دادن ندارد بجز پرسه‌زدن در باغ، و البته تماشای سینه‌سرخی که بر فراز دیوارهای باغ اسرارآمیز پرواز می‌کند؛ باغی که ده سال است در آن قفل شده است و کلیدش مفقود است.کتاب باغ مخفی، در مورد کودک ناسازگار و مریض‌احوالی است که گویی تنها مواجهه با چیزی حیرت‌انگیز، می‌تواند تغییری در اخلاق او بدهد. این رمان داستان آشتی با آسمان و زمین و گل و رنگ و پرنده است؛ دیدن و بوییدن و لمس کردن طبیعت، و هر آنچه در آن است. منتقدان ادبی جهان، این رمان را شاهکار ادبیات کودک و نوجوان دانسته‌اند. همچنین از روی داستان باغ مخفی فیلم‌های زیادی ساخته شده است.