در پایان قسمت اول جانوران شگفت‌انگیز، گلرت گریندل‌والد، جادوگر سیاه قدرتمند، به کمک نیوت اسکمندر در نیویورک دستگیر شد. اما گریندل‌والد با عملی کردن تهدیدش، موفق به فرار از بازداشت شده، شروع به گردآوری پیروانی برای خود می‌کند تا ساده‌ترین بخش از برنامه‌ی کارش را به انجام برساند: به قدرت رساندن جادوگرهای اصیل‌زاده برای حکومت بر دنیای غیرجادویی. آلبوس دامبلدور در تلاش برای ممانعت از تحقق برنامه‌های گریندل‌والد، از نیوت، شاگرد سابقش در هاگوارتز، کمک می‌خواهد. نیوت، بی‌خبر از خطرهای پیش رو، بار دیگر موافقت به همکاری می‌کند. با اوج‌گیری تفرقه در دنیای جادویی، عشق و وفاداری محک می‌خورد و مرزبندی‌هایی، حتی میان اعضای خانواده‌ها و دوستان صمیمی، مشخص می‌شود.