کلاس نابغه‌ها 6 جشنواره ورزشی و دردسرهایش بالاخره به پایان رسیده است. ولی فصل امتحان‌ها از راه رسیده… یک بار دیگر مشخص می‌شود این مدرسه شبهیه هیچ مدرسه‌ای نیست و همانطور که همه حدس می‌زنند امتحان‌ها هم عادی نیستند. دشمنی‌های قدیمی یک بار دیگر سر باز می‌کنند، دوستی‌های جدید همه‌چیز را پیچیده‌تر از قبل می‌کند. سرنوشت همه‌ی بچه‌ها در گرو این امتحان‌هاست. کلاس نابغه‌ها داستان دانش‌آموزان یک کلاس از دبیرستان متروپولیتن توکیتو است. دبیرستانی که فقط بهترین دانش‌آموزان سراسر ژاپن به آنجا راه پیدا می‌کنند. دانش‌آموزان آزاد هستند که هرکاری دلشان می‌خواهد بکنند ولی به شرطی که در پایان سال رتبه کلاسشان بهتر از بقیه کلاس‌ها باشد.