شینوبی (Shinobi)، در مجموعه‌ی ناروتو، به‌عنوان یک نینجا شناخته می‌شود و بیشتر به قدرت‌های نظامی در داستان اشاره دارد. یک نینجای زن نیز به نام کونویچی (kunoichi) جزء شینوبی‌ها به شمار می‌آید. شینوبی‌ها از تکنیک‌های گوناگونی استفاده می‌کنند که بیشتر بر پایه‌ی بهره‌گیری از چاکرا بنا شده‌اند و این امکان را فراهم می‌کند تا حرکات برجسته‌ای مانند راه‌رفتن روی آب یا حرکت روی درختان را به اجرا درآورند. جوتسو (Jutsu)، به مهارت‌ها و تکنیک‌های مختلف نینجاها گفته می‌شود که به سه گروه اصلی تقسیم می‌شوند: نینجوتسو(Ninjutsu): شامل تکنیک‌هایی مانند ترکیب استفاده از چاکرا با حرکات جسمانی و ایجاد سایه است. گنجوتسو(Genjutsu) : به تقویت بدن و افزایش قدرت اختصاص دارد و بر روی تحت‌تاثیر قراردادن ذهن و حواس فرد تمرکز دارد. تایجوتسو (Taijutsu): به استفاده‌ی تکنیک‌های رزمی، حرکات کاراته، ضربه و لگدزنی مربوط می‌شود. نینجاها از جوتسوها برای انجام مأموریت‌ها، مبارزه با مخالفین و مخفی‌ماندن از دید دشمنان استفاده می‌کنند. هر نینجای ناروتو مهارت‌خاصی در یک یا چندین دسته‌دارد و از آن‌ها برای دستیابی به اهداف خود استفاده می‌کند.