هدف نویسنده از نگارش این کتاب، بازگو کردن تجربیات و خاطرات چند نفر از اعضای سابق و فعلی سازمان مجاهدین خلق است که در دوران‌های مختلف با این سازمان گره خورده‌اند. نویسنده با استفاده از روش تاریخ شفاهی، به مصاحبه با هفت نفر از شاهدان عینی پرداخته و خاطرات آن‌ها را بازنویسی کرده است. ساختار کلی کتاب به صورت فصل‌بندی شده است که هر فصل به بررسی زندگینامه، فعالیت‌ها، رابطه‌ها، چالش‌ها و تغییرات یک شخص پرداخته است. رازهای سازمان، یک نگاه عمیق و جذاب به پشت پرده سازمان مجاهدین خلق ایران است که با صدای شاهدان عینی به زبان می‌آید. نویسنده با حساسیت و دقت، به برجسته کردن تجارب شخصی، روحی و روانی شاهدان عینی پرداخته و نشان می‌دهد که چگونه سازمان مجاهدین خلق، با استفاده از روش‌های فشار، تحمل، تعلق، تصفیه، تغییر هویت و جذب، بر زندگی و اندیشۀ اعضای خود حکمفرمایی کرده است.