این کتاب سلسله مقالاتی است که هر کدام در مکانها و مناسبتهای گوناگون به نگارش درآمده است. کتاب نیایش فیلسوف مجموعا در بردارنده 27 مقاله است که مهمترین عناوین آنها بترتیب عبارتند از: «نیایش فیلسوف»: در این جستار مؤلف موضوعاتی چون سعادت از نظر فارابی، سیاست از نظر فارابی صفات خداوند مندرج در نیایش فارابی، بحث معلوم بالذات و معلوم بالعرض، بحث علم حضوری و علم حصولی در اتحاد عاقل و معقول و غیره را مورد نقد و بررسی قرار داده است. «نگاهی بشرح فصوص الحکم جندی»؛ «بررسی آراء و نظریات احمد حمیدالدین کرمانی»؛ «بحث و بررسی سه مسئله فلسفی از خواجه‏نصیر تا ملاصدرا. «شبهه آکل و ماکول»: بحث تفصیلی پیرامون معاد و ...؛ «علامه طباطبائی و نظر متکلمان درباره علم خداوند بجزئیات»؛ «بحث انسان کامل»؛ «ابن طفیل»: معرفی کامل زندگی و اندیشه وی؛ «نفس و روح در نظر شیخ مفید»؛ «عقل و دل»؛ «اصالت ماهیت از میرداماد تا عصر حاضر»؛ «اندیشه‏های فلسفی ابوالحسن عامری»؛ «دین و فلسفه»؛ «آراء و نظریات حکیم متألّه مرحوم علی اکبر مدرس یزدی»؛ «اسماء و صفات حق از نظر ملاصدرا براساس اشتراک معنوی وجود»؛ «کلام ماتریدی»: ماتریدیه یکی از فرقه‏های‏مهم‏کلامی است؛ و در نهایت «بررسی تفصیلی قاعده بسیط الحقیقة کل الاشیاء»، البته عنوان جستارآخر نیز نگاهی منتقدانه به فلسفه ملاصدرا می‏باشد.