کتاب در مکتب قرآن سلسله جلسات تفسیر قرآن است که از سال 1344 در مرکز اسلامی هامبورگ برگزار می‌شد و پس از بازگشت شهید بهشتی به ایران در سال 1349 ادامه یافت. این جلسات در ایران به طور سیار در خانه های فعالان و مبارزان برقرار می شد و برای مصونیت از حساسیت ساواک با نام و پرچم سبز “مکتب قران” تشکیل می‌شد. تفسیر سوره حمد و بقره و آل عمران در این دوره صورت گرفته است. این جلسات سرانجام با فشار ساواک تعطیل شد. در این مجموعه شهید بهشتی از شیوه گردآوری و تدوین سوره های قرآن آغاز می کند و علت نام گذاری سوره حمد به فاتحه الکتاب را توضیح می دهد. سپس تفسیر خود را در باب یادگیری مفهوم عبارات نماز، مفهوم صحیح صراط مستقیم بیان می کند و در یکی از مهم‌ترین بخش های تفسیر درباره مصداق “مغضوب علیهم” می گوید.