بانوی نیلوفری داستان انقلابی بدفرجام است که از داستان عشق بی سرانجام روزنامه نگاری به نام شیری و زنی به نام مرضیه آغاز می شود و روندی پرتاب و تنش دارد. 
شیری و مرضيه روزگار جوانی خود در تلاش بودند تا دیو را از سرزمین بیرون کنند و فرشته را جایش بنشانند. اما در نهایت، نسل انقلابی فریب خورده ای شدند که با آرمان هایشان برابر حکومت پیشین ایستاده بود اما پس از انقلابش دریافت که بر چه نیرنگ بزرگی تکیه کرده است، بانوی نیلوفری داستان بازخواست شدن نسل گذشته است سوی نسل جوانی که امروزه به پرسش ایستاده که: «چرا!؟»
 رمان سعی دارد وقایع سیاسی مهم کشور را از سال ۵۷ تا ۸۸ نقل کند و در این میان از توصیف سرکوب ها و شکنجه ها نیز دریغ نمیکند. رمان توصیف گر حضور جسور زنان در خیابان است. خیابانی که در آن جای پخش گل و مهر، گلوله پرتاب می شود و قلب انسان ها را هدف می گیرد. 
نویسنده می کوشد تا اتفاقات متفاوت را در زمان های متفاوت به شکل موازی پیش ببرد و در خلل موضوع اصلی داستان ، قصه های فرعی دیگری را نیز روایت کند.