رمان از سه داستان موازی تشکیل شده‌است که در نهایت یکپارچه می‌شوند: سفر شیطان به مسکو، داستان پونتیوس پیلاطس و به صلیب کشیده شدن مسیح و عشق مرشد و مارگریت. داستان با هم‌صحبتی و قدم زدن دو روشنفکر لاییک و رسمی (دو شخصیت مهم داستان) در یکی از پارک‌های مسکو آغاز می‌شود: یکی میخاییل الکساندر، یا همان برلیوز نویسنده‌ای مشهور و سردبیر یکی از مجله‌های وزین ادبی پایتخت و رئیس کمیته مدیریت یکی از محافل ادبی مسکو که در اینجا ماسولیت نام دارد و دیگری جوان شاعری به نام ایوان نیکولاییچ پونیریف که با نام مستعار بزدومنی شناخته می‌شود. برلیوز به نوعی نماینده روشنفکران رسمی و صاحب باند و باندبازی‌های ادبی است که محافل مافیایی ادبی راه می‌اندازند و اندیشه‌ای سطحی و تک‌بعدی دارند و دگراندیشان را مجال رشد و نمو و شکوفایی نمی‌دهند و تنها به آنان که مرید و سرسپرده‌شان باشند اجازه فعالیت می‌دهند و دیگران را زیر پا له می‌کنند، شعر و آثار سفارشی می‌پذیرند و شبکه‌ای تار عنکبوتی در تمام نشریات مهم و سرشناس تنیده‌اند. سایه این روشنفکران و نویسندگان رسمی بر تمام عرصه ادبی و محافل نویسندگی سنگینی می‌کند و نگاه تحمیلی‌شان در همه جا گسترده‌است. یکی از قربانیان این باندهای مافیایی، قهرمان این رمان یعنی مرشد است که در فصل‌های بعدی رمان ظاهر می‌شود و می‌بینیم که این حضرات ریش و سبیل‌دار چه بلایی به سر او با آن همه خلاقیت و عشق و شور آورده‌اند.